Estructura Organizacional
La Vicerrectoría de Investigación se encuentra integrada por las siguientes unidades organizativas:

Vicerrector de Investigación

Dirección de Gestión del Conocimiento
Unidad responsable de dirigir el diseño, elaboración, trámite, aprobación, ejecución y seguimiento de los proyectos y actividades de investigación destinadas a la generación del conocimiento.

Dirección de Transferencia del Conocimiento y propiedad Intelectual
Unidad responsable de dirigir la consolidación, actualización y transferencia de conocimientos generados por investigaciones científica al interior de la Universidad.

Centro de Genética y Biología Molecular
Unidad organizativa de la Universidad del Magdalena encargada de desarrollar actividades de investigación, innovación, enseñanza y de servicio científico y tecnológico a la sociedad en el área de la genética y la biología molecular con el objetivo de ayudar a resolver los problemas que se presentan en el campo de la salud humana y animal, en el desarrollo de la producción agrícola, pecuaria, pesquera y acuícola; y en la conservación genética de la biodiversidad del departamento del Magdalena y de la región Caribe.

Centro de Colecciones Científicas
Unidad organizativa de la Universidad del Magdalena, encargada de apoyar y promover la investigación y la formación en ciencias biológicas, sociales y afines, resguardando y preservando material biológico, arqueológico y demás tipos de materiales de índole científico recolectado en los proyectos ejecutados por investigadores y estudiantes de la Unimagdalena, así como los materiales obtenidos por donaciones recibidas de instituciones e investigadores nacionales y extranjeros.

Centro de Innovación y Emprendimiento
Unidad responsable de generar programas y proyectos de innovación colaborativa para la solución de necesidades sociales y empresariales, y así contribuir al desarrollo del Caribe. De igual forma, fomenta en la comunidad universitaria la cultura del emprendimiento en todas sus formas.

Editorial Unimagdalena
Unidad responsable de definir y ejecutar políticas y normas para promover y fortalecer las publicaciones en la Universidad, principalmente para las actividades de registro, dictaminación selección, edición, impresión, difusión, promoción, almacenamiento, preservación, distribución, comercialización, canje y donación de las publicaciones realizadas por los integrantes de la comunidad universitaria y general.

Centro de Investigación en Alto Rendimiento Deportivo y Estudios Biomédicos
Unidad encargada de promover la investigación multidisciplinaria como herramienta a eficaz para desarrollar procesos de educación, prevención, rehabilitación y readaptación en los ámbitos deportivos y de la salud, así como la detección, evaluación y control de deportistas en las etapas de formación, desarrollo competitivos y de alto rendimiento.

Dirección de Proyección Cultural
La Vicerrectoría de Investigación de la Universidad del Magdalena, consciente de la cultura como un valor esencial de la sociedad, ha consolidado el sistema de museos como un espacio para promoción e implementación de planes, programas y proyectos culturales, encaminados a la formación y creación de públicos.